神學院是裝備信徒及教會領袖的神學教育機構，澳神更致力於培訓教牧人才。好牧人必須具備聖經所記屬靈領袖的條件，因此之故，學院強調的是全人教育，包括靈性的培育、知識的培育和品格的培育。是以在課程的設計上，注重學生三方面的培養：
1. 靈性的培育 (spiritual formation)
- 本院設有院牧部統籌學生的靈命培育。
- 透過老師的生命榜樣，屬靈經驗分享和提點，幫助學生靈命成長，激發他們對事奉的熱誠。
- 通過每週的學院早會，師生一同敬拜，提升學生的靈性。
- 藉著隔週的學院祈禱會，師生一同禱告，培養親近神的熱忱。
- 藉著隔週的靈命指導時刻，由資深牧者帶領學生追求靈命進深。
- 通過每年的宣教週和師生退修營，激勵學生作靈命成長的追求。
2. 知識的培育 (intellectual formation)
- 本院致力物色和儲備學有專長的老師負責教授不同範疇的科目，包括聖經、系統神學和基督教歷史、教牧和聖工等。
- 另聘華人神學老師為特約講師，教授其專長科目，協助提高學生的學術水平。
- 定期舉辦神學講座，深化學生的神學知識。
- 致力於優質的教導、學習以及嚴謹的學術和研究。
- 增加圖書館藏書，並與其他神學院圖書館連線，豐富學生的研究資源。
- 訂閱基督教刊物、學術期刊、雜誌等，拓闊學生的知識領域。
3. 品格的培育 (character formation)
- 透過個人成長課程和老師的言傳身教，再加上個別輔導，塑造學生的品格。
- 提供學院生活指引和執行學院的紀律，藉以培養學生的高尚品格。
- 透過每週的師生早茶和午膳交通等群體生活，建立學生的品格。
- 藉著隔週的靈命指導時刻，由資深牧者培育學生的品格。
- 通過每學期的教會實習和每年的宣教週，鍛鍊學生的品格。