一九九一年初澳纽华福大会的与会代表领受上头来的异象，要在澳洲本土培训华人教牧人才。悉尼的代表经过近十年的研究和探讨，决定开办一所跨宗派的华人神学院。
蒙神恩领，澳洲华人教牧神学院（Chinese Theological College Australia Inc.）〔简称澳神〕于二零零零年九月十五日注册成为非牟利的神学教育机构，政府注册编号为INC9875093，随即开始提供中文神学课程。
自2010年起，本院更获批作为澳洲神学协会旗下一会员学院 — 基督学院（前身长老宗神学院）— 的代理学院；并获授权以中文教授澳洲神学协会认证的学位课程。
自2020年起，本院正式独立成为澳洲神学协会旗下的会员学院。