一九九一年初澳紐華福大會的與會代表領受上頭來的異象，要在澳洲本土培訓華人教牧人才。悉尼的代表經過近十年的研究和探討，決定開辦一所跨宗派的華人神學院。
蒙神恩領，澳洲華人教牧神學院（Chinese Theological College Australia Inc.）〔簡稱澳神〕於二零零零年九月十五日註冊成為非牟利的神學教育機構，政府註冊編號為INC9875093，隨即開始提供中文神學課程。
自2010年起，本院更獲批作為澳洲神學協會旗下一會員學院 — 基督學院（前身長老宗神學院）— 的代理學院；並獲授權以中文教授澳洲神學協會認證的學位課程。
自2020年起，本院正式獨立成為澳洲神學協會旗下的會員學院。